La chiesa di S. Francesco, raggiungibile percorrendo via Angioina, si contraddistingue per la sua imponenza e la maestosa facciata neogotica rivolta verso Punta Stendardo ed il borgo medioevale. La costruzione risale al 1222 anno in cui il Santo passò per Gaeta e fondò il convento portato a termine nel 1 236 grazie anche alla generosità del Re Carlo II d'Angiò molto devoto alla causa del religioso. La chiesa originaria, con una grande navata centrale e due laterali più basse, fu terminata nel XIV secolo. Si arricchì di numerose opere d'arte tra il 1500 ed il 1700, ospitando le sepolture di nobili e governatori spagnoli. Nel 1809 Napoleone soppresse gli ordini religiosi ed il convento con annessa chiesa furono requisiti e trasformati in caserma ed ospedale militare. Lo stato di abbandono perdurò negli anni successivi della restaurazione. Solo nel 1 854 Ferdinando Il di Borbone, volendo tramandare il ricordo di Pio IX esule a Gaeta (1858- 1859) a causa dei moti rivoluzionari e la proclamazione della Repubblica Romana, decise di ricostruire la chiesa affidando i lavori all'architetto Guarinelli e all'opera di numerosi artisti. Pochi anni dopo il monumento fu nuovamente danneggiato a causa dell'assedio (1 860-1 86 1 ) della città divenuta ultima roccaforte dei Borbone prima della definitiva unità d'Italia. Abbandonata per diversi decenni, fu riaperta solo nel 1927 ed affidata ai salesiani che vi istituirono anche una scuola negli ambienti dell'antico convento.
Lo stile neogotico è ben rappresentato dalla facciata e dalla imponente scala di accesso. le due rampe basali culminano con I'imponente statua della "Religione", da qui una rampa unica conduce al piazzale sovrastante famoso per lo splendido panorama sul borgo medioevale ed il porticciolo di S. Maria. La facciata è riccamente decorata: ai lati del portale si trovano le statue di Carlo Il d'Angiò e di Ferdinando Il, sulla cornice sono ubicate le statue di S. Bernardo, S. Ambrogio, S. Agostino, S. Tommaso d1Aquino. e, sovrastante il timpano, S. Francesco. All'interno, oltre a numerosi dipinti e statue, spicca il grandioso altare ed il pavimento marmoreo con riquadri intarsiati.