Istituito l'8 ottobre 1877 , il museo ha subito diverse vicissitudini e la raccolta ha patito anche diversi furti. I materiali, raccolti nel Chiostro della Chiesa di San Francesco (all'interno della quale sono rimasti alcuni dei pezzi di maggior dimensione), sono stati trasferiti e riordinati presso l'attuale sede nel corso del 1998. Il museo conserva circa 400 reperti provenienti da scavi e rinvenimenti effettuati in tutto il territorio comunale e, tra essi, un sarcofago marmoreo strigliato risalente al IV sec. a.C. (portato alla luce nella campagna litoranea nel 1999), che è una delle poche testimonianze della presenza di comunità cristiane nel territorio fondano, nella tarda antichità.
Il museo comprende la sezione epigrafica, quella statuaria, colonne miliari e votive, efebi, puteali, ex voto, capitelli, frammenti di mosaici e architravi, e dispone di circa 400 schede descrittive dei reperti conservati e di una sala polifunzionale con 150 posti, dotata di impianto di amplificazione e proiezione.